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北京大学
7月末，著名美籍华裔教授丘成桐接受媒体采访时称，“北京大学从海外引进的人才，大部分是假人才。”其后北大发表声明指责丘成桐歪曲事实。一时间丘成桐、北大、诸专家学者、教育部均卷入这场广受关注的纷争。
中国人民大学
8月初，媒体报道了中国人民大学耗资百万给三层食堂修建了豪华观光电梯。虽然人大极力辩解，坚称是改善师生员工就餐和学校学术交流用餐条件的必要举措，是“最为经济、适宜的方案”，
但还是被指为“形象工程”，并引发了对高校在基础设施建设“突飞猛进”的反思。
浙江大学
9月21日，步步高董事长段永平向浙大捐赠3000万美元，网易首席执行官丁磊向浙大捐赠1000万美元，两者合计约合人民币3.2亿元，这是到目前为止国内高校接受到的最大一笔捐款。巨额捐赠，为高校筹款工作再加一把火。捐赠过后，一些大学纷纷到浙江大学取经。
华中师范大学
6月初，华中师范大学刮起“人事风暴”：
25名正、副教授、讲师，共27人落聘；29名包括正、副教授在内的教师被解聘。这场“人事风暴”酝酿一年，力度之大、推行之彻底，在国内高校尚属首次。我国高校虽然从未出台教授终身制的规定，但是事实上的终身制引发了诸多弊端，某种程度上可以说，这让国内高校距离世界一流越行越远。这一打破“教授终身制”的破冰之举，将让真正的人才脱颖而出。
上海交通大学
2003年2月，在摩托罗拉公司做测试的工程师陈进，将一片从美国买来的MOTO-freescale
56800芯片，雇人磨掉原有标志再加上自己LOGO，“研制”成了“完全拥有自主知识产权”的“汉芯一号”，并借此当上了上海交大教授、博导、微电子学院院长。借助“汉芯一号”，陈进申请了数十项重量级的科研项目，进而骗取了高达11亿元的科研基金。2006年1月，造假事件东窗事发，震撼全国。5月，陈进被上海交大解除有关职务，有关部委决定追缴相应拨款和经费。
北京科技大学
8月，27岁的汪洋从北京科技大学本科毕业3年后，又回到一所中专，计划花两年时间学习一门技术，他成为贵州省首位本科毕业后又回头读中专的人。此事在社会引起强烈反响，教育部副部长吴启迪认为，大学生“回炉再造”是很正常的事。专家们也表示，这不能说大学教育就是失败的，这是终身教育的体现。
北京外国语大学
4月18日，北京外国语大学认定该校2002级女博士生卫英(化名)以小广告、电子邮件等方式对导师进行骚扰、辱骂和人身攻击，并对另外两名老师进行骚扰，决定开除该学生学籍，并表示这是一个证据充分的“铁案”。随后卫英在申诉无效的情况下，向北京教委提起行政复议，最终北京教委撤销了北外的开除决定。
上海师范大学
4月末，随着夏天的到来，上海师范大学出台规定：老师穿超短裙不准进课堂。规定引发了社会各界对教师穿着的激烈争论。有人认为老师穿超短裙是入时的表现，也无不可；反对者则称，老师应穿着得体，才能体现出对学生的尊重。面对争论，上师大的相关负责人表示，学校将继续坚持这一原则，希望教师在上课时衣着端庄、优雅，杜绝穿背心、超短裙、吊带衫、无袖上衣、拖鞋进教室。
西安邮电学院
10月8日，336名学生因为考试成绩差，学年学分没修够，经学校初步审定被退学处理。这336名学生将面临两种选择:或者退学回家，或者缴清退学试读培养费，降级试读一年。一时间，西安邮电学院成为舆论关注和争论的焦点。赞成者认为，在严进宽出的背景下，高校学生不思进取，这种风气到了该整治的时候了。而反对者则认为，学生成绩差，学校和教师也负有不可推卸的责任，把学生一退了之，是一种赤裸裸的教育暴力。
赣江职业技术学院
10月21日晚，江西民办高校赣江职业技术学院部分学生，因大专学制问题与校方产生意见分歧。在他们的要求没有得到满足的情况下，约有数百名学生聚集在一起，打砸教学楼和宿舍，在校园内拦堵出门道路。有媒体撰文称，国内一些民办高校连续发生学生聚集哄砸事件，背后是一些民办高校在办学目的、方法上的偏差及有关部门监管乏力。在经历了近几年的急速扩张之后，民办高校正进入矛盾多发期，亟待善策善治。
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